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    但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。

    也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的葛城美里，被国联予以严密保护。

    2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而后来的NERV本部就是利用这个空洞而建造的。

    此时，E计划(碇源堂私下进行的造神计划)始动，零号机也开始建造了。

    莉莉斯在南极的“第二次冲击”中受重伤而被seele秘密送到人工进化研究所。她被碇源堂司令一伙关在人工进化研究所的最低层，伪装成亚当用作吸引使徒的诱饵。

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