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    在“第一次冲击”40亿年后，秘密组织seele通过研究死海文书逐渐了解了人类的起源，以及即将面对的残酷命运——使徒若是与亚当融合，将会发生“补完”。除了被“补完”的使徒外，其他的生命（包括其他使徒）将在冲击中被消灭。

    人类拥有智慧之果，使徒拥有生命之果，所以人类与使徒都是不完全的生物，且所有使徒都有A.T绝对领域。这种领域造成了心灵的隔阂，是将自身以及自我和客观世界分隔开的一堵墙。

    “人类补完计划”的最终目的，就是要击败其他使徒，最终借EVA之手，让人类还原成最初的样子，回归到LCL之海当中去达成“补完”

    想要达成“补完”，是每一个使徒的愿望。当然，所谓的邪恶使徒：人类，也不例外。知道了这个秘密的seele，就开始在暗地里谋划自己的“剧本”，也就是“人类补完计划”。

    2000年9月13日，第二次浩劫（Second Impact）发生。葛城美里随父亲一同前往南极科考，试图唤醒沉睡于白之月当中的亚当，当时亚当被朗基努斯之枪（据说这把枪的名字来源于把耶稣钉在十字架上的士兵的名字）封印在冰层下，人类拔掉了朗基努斯之枪的封印，却不幸引发“第二次冲击”。

    在南极大陆上发生的一切，给地球带来了巨大的浩劫。大片冰山溶解，海平面上升，地轴倾斜，陆地沉入大海。并且造成全球性气温下降，经济崩坏、民族纷争和内战。世界人口急速减少，数千种生物与过半数的人类从地球上永远地消失了。

    南极成为了宁静的死亡地狱，整个海洋变成红色，任何生物都无法在被污染的海中生存。虽然人类并未象恐龙那样灭绝，但复兴工作却无比的严峻。

    后来人类用N2地雷击败亚当，把它做成胚胎用于制造EVA。

    葛城美里是第二次浩劫的南极考察队唯一生还者，她的父亲在冲击爆发的时候把唯一的救生艇（后来成为EVA的驾驶舱设计）让给了她，自己胸前的伤疤和父亲留下十字项链就是那时留下的全部东西。并且从此之后，葛城美里的容貌变化很小，几乎一直保持年轻的样子。

    2001年，碇真嗣诞生，并且，所有EVA的驾驶员亦在这一年出生，碇唯抱着碇真嗣与冬月一起拍下照片，并且照片中有疑似真希波的女人出现。

    2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13 日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。
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